목록PROGRAM/GENOMICS (1)

살며사랑하며

google deepvariant tip

구글 딮베리언트에 대한 간단한 팁 구글 딮베리언트는 총 3가지 단계를 거칩니다. alignment가 완료된 bam을 입력받습니다.make_examples 과정을 거칩니다.call_varaint를 처리합니다.post_process를 처리후 완료가 됩니다. 구글 딮베리언트로 30x bam을 워크스테이션로 분석을 하면 대략 100시간이 걸립니다. 하지만 make_examples는 parallel을 이용해서 처리속도를 올릴수가 있습니다. 그리고 call_variant는 gpu나 tpu를 이용해서 분석속도를 높일수 있습니다.그러나 마지막 과정인 post_process는 속도를 올릴수 있는 방법은 없으나 한시간 이내로 끝나기에 문제 없습니다. 물론 TPU는 구글 클라우드에서 처리를 해야 합니다. https://cl..
PROGRAM/GENOMICS 2018. 11. 29. 16:50
이전 Prev 1 Next 다음